Наша історія починається через рік після того, як посилання перемогли Ganondorf і Midna повернувся в Царстві сутінки. Посилання були викликані до Hyrule замку, де Zelda розповідає посилання, які в сон, вона сказала з стародавніх артефактів, які зберігаються в храм часу, і вона хоче, щоб його відновити.